1. dubna roku 2001 firma Amiga, Inc. oficiálně zveřejnila informaci, že plánuje zahájit vývoj nového, nativního PPC operačního systému. Tato zpráva přišla jako blesk z čistého nebe. Již v průběhu roku 2000 představitelé firmy naznačovali, že pro desktopový operační systém není nutná ochrana paměti. Tím pobouřila mnoho stávajících amigistů, kteří očekávali nový operační systém s moderními funkcemi. Ohlášení vývoje AmigaOS 4.0 se tak stalo těžkou zkouškou implementace ochrany paměti do AmigaOS.

Již během prvních tří měsíců roku 2001 firma Amiga, Inc. kontaktovala dva vývojové týmy, které v té době již pracovali na kompatibilních operačních systémech - MorphOS (bPlan) a AROS. Její snahou bylo sjednocení těchto různorodých skupin a zaměřit se společně na vývoj AmigaOS 4.0 pro základní desky AmigaOne. Zároveň to mělo velkou měrou zkrátit čas potřebný na vývoj systému a případně také eliminovat tolik nepotřebnou konkurenci.

To se však nakonec nestalo a proto byla 1. listopadu 2001 na vývoj operačního systému AmigaOS 4.0 uzavřena smlouva s firmou Hyperion Entertainment. Dle uzavřené smlouvy měla firma Amiga, Inc., po dokončení veškerých prací, možnost odkoupení veškerých práv na AmigaOS 4.0 zpět. Tento postup měl zajistit především další vývoj operačního systému i v případě, kdyby jedna z smluvních stran - firem Hyperion Entertainment, Eyetech a Amiga, Inc., upadla do likvidace.

Firma Hyperion Entertainment začala na vývoji nové verze operačního systému pracovat a o několik měsíců později, přesněji 21. ledna 2002, zvěřejnila kompletní seznam funkcí a vylepšení, které měla nová verze operačního systému přinést. Práce na systému se protáhly mnohem déle než se původně očekávalo. Důvodem bylo hlavně to, že původně se měl přepsat pouze AmigaOS 3.1 pro podporu PPC architektury. Firma Hyperion se však nakonec vydala jiným směrem a nový systém začala psát zcela od základu. První Pre-Release verze systému AmigaOS 4.0 se tak objevila až 26. května 2004. Převážně byla určena pro vývojáře a betatestery.

Brzy na to začali uživatelé hlásit chyby a problémy v systému a firma Hyperion tak mohla začít opravovat a vylepšovat jednotlivé funkce systému. Postupně tak byly uvedeny celkem čtyři aktualizace.

• 10.10.2004 - AmigaOS 4.0 Pre-release - první aktualizace
• 27.12.2004 - AmigaOS 4.0 Pre-release - druhá aktualizace
• 14.06.2005 - AmigaOS 4.0 Pre-release - třetí aktualizace
• 08.02.2006 - AmigaOS 4.0 Pre-release - čtvrtá aktualizace
• 24.12.2006 - AmigaOS 4.0 Final - pátá aktualizace

Pátá aktualizace, označována také jako Final verze byla uvedena 24. prosince roku 2006. Zanedloho poté se však ozvala mateřská firma Amiga, Inc., která chtěla získat zpět veškerá práva na právě dokončený operační systém AmigaOS 4.0, tak jak to bylo ustanoveno v původní smlouvě. Firmě Hyperion Entertainment tak údajně nabídla částku 2.000.000 dolarů, kterou však Hyperion Entertainment odmítla s odůvodněním, že vývoj systému stál podstatně více. Vztahy mezi oběmi firmami se nakonec vyostřili natolik, že firma Amiga, Inc. podala 26. dubna 2007 na firmu Hyperion Entertainment soudní žalobu u soudu v Seatle (USA).

Nejvážnější body obžaloby:

1. Firma Hyperion v rozporu se smlouvou z roku 2001 odmítla předat zdrojové kódy firmě Amiga, která i přesto, odeslala dle smlouvy na konto firmy Hyperion 25.000 dolarů + dalších 15.000 dolarů navíc, o které mezitím zažádal Hyperion (část této dodatečné sumy byla odeslána teprve v roce 2006).
2. Zavedení dodatečných (neobjednaných firmou Amiga Inc.) prvků systému způsobilo, že Hyperion nebyl schopen dodržet původní termín dokončení AmigaOS 4.
3. Firma Hyperion svěřila většinu prací na systému třetím osobám, s kterými podepisovala smlouvy porušující práva firmy Amiga Inc. na zdrojový kód systému obsažené ve smlouvě mezi firmami Amiga Inc. a Hyperion.
4. V souvislosti s výše uvedeným firma Amiga Inc. vypověděla dne 20. prosince 2006 licenční smlouvu, o čemž uvědomila firmu Hyperion s měsíčním předstihem. Přesto firma Hyperion stále (dle názoru firmy Amiga Inc. protiprávně) používá obchodní značky Amiga, navíc 24. prosince uvedla "finální verzi" systému AmigaOS 4, křivě tvrdíce, že se jedná pouze o aktualizaci vývojářské betaverze z roku 2004.
5. Smlouva firmy Hyperion s firmou ACube Systems je porušením licenční smlouvy na AmigaOS 4, která umožňovala práva na distribuci AmigaOS 4 pouze firmě Hyperion a to pouze na klasické Amigy a počítač AmigaOne.
6. Firma ACube Systems kontaktovala firmu Amiga Inc. ve věci licence na AmigaOS 4, ale firma Hyperion odmítla firmě  Amiga Inc. předání zdrojových kódů systému. Vzhledem k takové situaci se firma ACube Systems rozhodla podepsat smlouvu bezprostředně s firmou Hyperion, což je podle názoru firmy Amiga Inc. v rozporu se zákonem.

I v průběhu tohoto soudního sporu, kdy se začaly objevovat již dávno zaniklé firmy (Amino, původní Amiga, Inc. atd...), pokračovala firma Hyperion Entertainment ve vývoji a prodeji systému AmigaOS 4.0 pro základní desky AmigaOne a klasické Amigy vybavené PPC turbokartami. To se samozřejmě firmě Amiga, Inc. vůbec nelíbilo a proto se neúspěšně snažila získat předběžný soudní zákaz prodeje systému AmigaOS 4.0. Nicméně, ani toto nezabránilo firmě Hyperion Entertainment aby 22. listopadu roku 2007 uvedla na trh systém AmigaOS 4.0 pro klasické Amigy vybavené turbokartami CyberstormPPC a BlizzardPPC (předtím byla tato verze k dispozici pouze vývojářům a betatesterům). Aktualizace pro tuto verzi systému se následně objevila 23. února 2008.

11. ledna 2007 došlo ke spojení tří italských firem - Alternative Holding Group, Soft 3 a Virtual Works, které společně vytvořily novou firmu ACube Systems, která oznámila nové základní desky Sam440ep a Sam440ep-flex, které byly vyvíjeny přímo ve spolupráci s firmou Hyperion Entertainment, pro běh systému AmigaOS 4.x. O pár měsíců později, přesněji 06. srpna 2008 pak firma Hyperion uvedla novou verzi systému AmigaOS 4.1, kterou již bylo možné provozovat i na deskách firmy ACube Systems.

V průběhu roku 2007 se na veřejnost začaly dostávat informace o projektu Moana. Jeho cílem bylo přeportování systému AmigaOS 4.0 na počítače MacMini firmy Apple. Jednalo se o ambiciózní projekt, který nakonec ukončila firma Amiga, Inc., která s jeho dokončením nesouhlasila.

Aby toho však nebylo málo, tak 31. ledna roku 2009 se na pultech obchodů objevila nová verze operačního systému AmigaOS 4.1, určená pro spuštění na základních deskách Pegasos II. I v průběhu soudního sporu tak firma Hyperion Entertainment tento operační systém stále vyvíjela a prodávala, což umožnilo vytváření nových programů pro tuto platformu.

Soudní spor o práva na AmigaOS 4.x byl ukončen zcela neočekávaně 30. září 2009, kdy obě firmy uzavřely mimosoudní dohodu, na jejímž základě firma Hyperion Entertainment získala exkluzivní celosvětová práva na AmigaOS 3.1, další vývoj, úpravu, komercializaci a prodej systému AmigaOS 4.x i všech následujících verzí. Veškeré překážky v další práci na tomto operačním systému tak byly odstraněny. 15. ledna 2010 byla uvedena aktualizace AmigaOS 4.1 Update 1, která ve verzi pro desky Sam440 odstranila přívlastek betaverze.