Vývoji operačního systému MorphOS předcházelo mnoho na sebe navazujících událostí, které si pro lepší pochopení v krátkosti zmíníme. Vše začalo v období, kdy firma Escom odkoupila majetek zkrachovalé firmy Commodore. Jedinou radostnou zprávou bylo oznámení firmy Amiga Technologies, že uzavřela strategické partnerství s firmou phase5 za účelem migrace Amiga platformy na PowerPC.
Firma phase5 tak začala investovat nemalé částky do vývoje a výroby nových PPC turbokaret pro klasickou Amigu, které se na trhu objevily v roce 1997. Nicméně, portace operačního systému AmigaOS se stále neblížil a zájemců o tuto platformu rychle ubývalo společně s rychlým rozšířením PC v domáctnostech.
Firma phase5 tak udělala poslední krok k tomu, aby její investice do PPC platformy nepřišly úplně v niveč. V roce 1999 tak sestavila vlastní vývojový tým, který začal pracovat na vlastním operačním systému MorphOS na základě mikrojádra Quark (navržené pro provoz úplně virtualizovaných systémů).
V únoru roku 2000 však firma phase5 vyhlásila bankrot a zanedlouho byla odkoupena firmou DCE. Členové vývojového týmu nakonec přešli pod křídla firmy bPlan, kde ve své práci na systému MorphOS mohli pokračovat.
Jen o pár měsíců později, v dubnu roku 2000 MorphOS Team (zaměstnanci firmy bPlan) oznámil to, co nikdo před ním nebyl schopen - nový kompatibilní operační systém pro PPC turbokarty. Veškeré pochybnosti o tom, že se jedná pouze o podvod, byly vyvráceny zanedlouho po uvolnění jeho betaverze. Jádro systému využívalo mnoho nápadů původního AmigaOS, ale přistupovalo k nim moderním způsobem. To umožnilo vyhnout se mnoha problémům, které se často objevovaly při aktualizaci zdrojových souborů původního AmigaOS. Tento přístup umožnil např. implementaci virtuální paměti, sledování zdrojů a mnoha dalších moderních funkcí. Při stálé nejasnosti oficiálního PPC portu systému AmigaOS, se tak MorphOS stal zajímavou cestou v pokračování přechodu klasických Amig na PPC platformu.
První verze systému tak bylo možné spustit pouze na klasických Amigách vybavených PPC turbokartami firmy phase5. Avšak k tomu aby byl zcela funkční vyžadoval jisté částí původního AmigaOS.
V roce 2002 se však situace se radikálně změnila. Právě tento rok vyústila spolupráce firem bPlan a Thendic-France v uvedení základní desky Pegasos, na které bylo možné spustit jak systém MorphOS tak i Linux. Firma bPlan se snažila svůj nový produkt perfektně marketingově prodat, ale bohužel se zaměřila převážně jen na německé zákazníky. Firma Thendic-France se však vydala jinou cestou. V průběhu několika následujících měsíců se stále snažila přesvědčit vývojový tým firmy Amiga, Inc., aby zvolil jako alternativu pro oficiální AmigaOS právě systém MorphOS. Jak už dnes víme, tento návrh nebyl mateřskou firmou přijat.
Zvláštní zmínku si zaslouží také betatestovací program systému, který byl ve své době mnohem dále než tomu bylo v případě systému AmigaOS 4.0. Firma DCE v té době již vyráběla prototypy nových základních desek, které byly k dispozici pro malý počet vybraných vývojářů. Tímto přístupem se softwarová základna systému MorphOS den ze dne rozrůstala. Ačkoli se jednalo hlavně o porty open source programů jako např. YAM, ScummVM 0.20, SDL her, VNC klientů a Mandelbrot generátorů.
Systém MorphOS se vyvíjel sice pomalu, ale velice brzy již pro něj existovala široká řada programů, která si dokázala udržet velkou uživatelskou základnu. A to i přes to, že byly teprve dokončovány základní aplikace samotného systému. Před vývojáři leželo ještě mnoho práce. První vývojové desky často zatuhávaly a vyvolávaly chyby, které bylo nutné odstranit před uvedením systému na trh.
Firma Thendic-France brzy oznámila druhou fázi svého betatestovacího programu a následně i komerční uvedení systému MorphOS na trh. Zahajovací prezentace se uskutečnila 12. října 2002 (tomuto dni se začalo říkat "M-Day") v hotelu Hilton ve Frankfurtu. Poté následovala široká řada prezentací na různých výstavách po celém světě, včetně známé výstavy CES v Las Vegas.
V průběhu let 2003 až 2004 se začaly vynořovat problémy uvnitř vývojového týmu systému MorphOS. Ty nakonec vyústili až v obvinění několika MorphOS vývojářů, že nedostali zaplaceno za svou práci. Toto rozhořčení nakonec vedlo k uvolnění Ambientu (desktopového rozhraní) pod GPL licencí. Ten je tak v současné době vyvíjen vývojovým Ambient týmem, jehož členem je i Lukáš Stehlík alias Luky. Ambient je samozřejmě i nadále součástí zcela komerčního systému MorphOS.
Zásadní změny ve vývoji systému se objevily až 30. června roku 2008 s příchodem systému MorphOS 2.0. Tato verze sebou přinesla kromě jiného nativní TCP/IP stack, aktualizovanou verzi prohlížeče Sputnik, podporu AltiVecu, 3D vrstvy pro grafické uživatelské rozhraní, nové USB komponenty (včetně podpory USB 2.0) a Reggae. Zlomovým momentem byla také nově podpora základních desek Efika 5200B, Pegasos I a Pegasos II. U desek Efika však nebyl dokončen ovladač pro zvukovou kartu.
Ten byl přidán až společně s uvedením systému MorphOS 2.1, který se objevil 5. září roku 2008. Oproti tomu verze systému MorphOS 2.2 (20. prosince 2008) obsahoval "pouze" opravu nalezených chyb. Stejně tak tomu bylo i u verze MorphOS 2.3 (6. srpna 2009), který kromě opravy mnoha problémů, přinesl také internetový prohlížeč Origyn Web Browser a podporu souborového systému HFS+ (pouze čtení).
Další zlomovou verzí je bezesporu MorphOS 2.4 (12. října 2009), který kromě jiného přinesl oficiální podporu platformy MacMini G4.
Kromě normálních verzí je k dispozici také verze systému MorphOS PowerUP, určená pro klasické počítače Amiga vybavené PPC kartami firmy Phase5. Tato verze je zcela zdarma, i když po dvou hodinách práce dochází k výraznému spomalení systému. To však lze odstranit registrací, která je zcela zdarma. PowerUP verze systému MorphOS však byla naposledy aktualizována 23. února roku 2006, takže samozřejmě neobsahuje všechny funkce nejnovějších verzí systému.