Na přelomu roku 2003 a 2004 uvedly firmy Freescale Semiconductor (dceřiná firma Motoroly) a IBM novou základní desku Pegasos II. Pegasos II používal jako northbridge čipset Marvell Discovery II, což odstanilo nutnost opravy čipsetu „April“ u předchozího modelu a navíc přinesl integrovanou podporu pro Gigabit Ethernet a DDR paměti. Novinkou také byla možnost použití procesorové řady "G4" procesorů firmy Freescale.

Základní desky s procesorem 750CXe (G3) nevyžadovaly aktivní chlazení – proto byly prodávány pod sloganem „Cool Computing“. Novější základní desky s procesory G4 využívající procesory Freescale MPC7447 již byly dodávány s malým aktivním chladičem. Pasivní chlazení těchto desek však bylo i nadále možné.

V lednu 2006 byl návrh základní desky Pegasos II uvolněn zdarma jako open source. Desky Pegasos II tak bylo možné libovolně upravovat a o jejich výrobu se začalo zajímat více firem. Firma Genesi nadále prodávala pouze svoji hardwarovou abstraktní vrstvu HAL/OF, pomocí které bylo možné na novém hardwaru spouštět níže uvedené operační systémy. Firma Genesi však byla donucena ukončit prodej těchto základních desek krátce po zavedení nové RoHS směrnice na území Evrospké Unie.

Technická specifikace

Formát desky (mm):	Micro-ATX (236 x 172 mm)
Procesory:	PowerPC G3 750cxe / 600 MHz PowerPC G4 7447 / 1000 MHz PowerPC G4 7448 / 1400 MHz (určeno pro vývojářský program Free Developer Workstation, nedostupné pro koncové zákazníky)
Montáž procesoru:	Na přídavných kartách od firem IBM a Mororola
NorthBridge:	Marvell Discovery II (MV64361)
SouthBridge:	VIA VT8231
Paměťové sloty:	2x DDR266 (DDR RAM PC2100)
Max. velikost paměti:	2GB
AGP slot:	1x AGP
PCI sloty:	3x PCI (včetně Riser konektoru)
IDE řadič:	2x ATA100 IDE
Síťová karta:	1x 1Gbit Ethernet 1x 10/100MB Ethernet
Zvuk:	AC97
USB:	3x USB 1.1 (2x externí, 1x interní)
Firewire:	3x IEEE 1275 400 Mbit (2x externí, 1x interní)
I/O konektory:	1x SPDIF Out  1x floppy konektor 1x seriový port 1x paralelní port 2x PS/2 port

Podpora operačních systémů

Na platformě Pegasos II funguje několik operačních systémů. Firma Genesi vyvíjela v průběhu let velké úsilí při podpoře portace a optimalizace různých operačních systémů nebo aplikací pro své počítače.

• Linux
  Debian GNU/Linux, MontaVista Linux, openSUSE, Yellow Dog Linux, Gentoo Linux a Crux PPC. Podpora platformy Pegasos byla integrována do Linux jádra od verze 2.6.13.
• MacOS
  Na Pegasosu lze spustit i systémy MacOS a MacOS X použitím Mac-on-Linux, ale to údajně porušuje licenční smlouvu s koncovým uživatelem (EULA) firmy Apple.
• MorphOS
  je široce kompatibilní se staršími Amiga aplikacemi, které jsou „OS friendly“ (což znamená, že nepřistupují přímo k nativnímu Amiga hardwaru), stejně jako rostoucí počet nativních aplikací. Hlavním sponzorem systému MorphOS je firma Genesi.
• AmigaOS 4.1
• OpenSolaris
  Původními sponzory portace systému OpenSolaris na PowerPC byly firmy Genesi a Freescale. Pegasos II byl použit jako referenční platforma pro vývoj.
• QNX
  Operační systém QNX plně podporuje platformu Pegasos II.